Tiền thân của Công ty Biffa là Xí nghiệp phân sinh hóa Bình Định được thành lập năm 1993 từ đề tài khoa học “Sản xuất phân sinh hóa trên nền than bùn” của Ban Khoa học – Kỹ thuật Bình Định. Kết quả của đề tài đã trở thành sản phẩm chính để UBND tình Bình Định quyết định thành lập Doanh nghiệp nhà nước Xí nghiệp phân sinh hóa Bình Định. Hoạt động chủ yếu là sản xuất phân bón vi sinh cung cấp cho các thị trường Miền trung và Tây nguyên với hơn 100.000 tấn sản phẩm trong 7 năm (1993-2000); Năm 2000, Nhà nước giao vốn kinh doanh tự chủ hoạt động và ban Lãnh đạo Xí nghiệp xin thành lập Công ty cổ phần, tập trung vào sản xuất phân bón NPK, Công ty đa dạng hóa sản phẩm từ các hoạt động nghiên cứu khoa học thực hiện các dự án cấp Nhà nước và cấp Tỉnh và cho ra đời các sản phẩm như: Gạch tuy nen, ngói cao cấp, than gỗ chất lượng cao, giấm gỗ sinh học.

Trong quá trình hình thành và phát triển, nhờ có sự đoàn kết, đổi mới năng động sáng tạo của Lãnh đạo và tập thể CBCNV BIFFA đã có những bước phát triển nhanh chóng về mọi mặt, sản xuất kinh doanh liên tục phát triển cả về chiều rộng lẫn chiều sâu; đời sống CBCNV được cải thiện.

Từ một đơn vị sản xuất phân bón nhỏ, chủ yếu sản xuất phân vi sinh với sản lượng hàng năm vài ngàn tấn, Biffa đã không ngừng tiếp thu ý kiến của khách hàng, nghiên cứu, cải tiến công nghệ, thiết bị, phát triển sản phẩm mới để đưa ra thị trường những sản phẩm có chất lượng cao nhằm đáp ứng nhu cầu của khách hàng. Công ty đã được Nhà nước tặng thưởng nhiều bằng khen và thương hiệu Phân bón Biffa của Công ty cũng đã trở thành thương hiệu uy tín đối với bà con nông dân, đã đạt giải thưởng chất lượng Quốc gia và nhiều giải thưởng khác.

Với mạng lưới phân phối khắp các tỉnh miền trung, tây nguyên, Campuchia, Lào. Với đội ngũ cán bộ có trình độ và công nhân lành nghề, Công ty đã đưa ra thị trường nhiều loại sản phẩm chuyên dụng chất lượng cao phù hợp cho từng loại cây trồng như: Cây cà phê, cao su, mía, thanh long, hồ tiêu, cây ăn trái, lúa, rau màu,..

Xác định yếu tố chất lượng sản phẩm và sự tín nhiệm của khách hàng là sự sống còn của doanh nghiệp trong nền kinh tế thị trường, Công ty đã không ngừng cải thiện chất lượng sản phẩm và đồng thời liên tục cải tiến máy móc thiết bị, qui trình công nghệ sản xuất để  những sản phẩm luôn mang lại hiệu quả cao cho bà con nông dân. Góp phần đẩy mạnh sản xuất kinh doanh và đạt hiệu quả kinh tế xã hội ngày càng cao cho doanh nghiệp.